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La vie paroissiale de la colonie de Bastide Clairence et de ses descendants fut assez tourmentée. Après les affaires de droit de dîme, de patronage, etc. (voir Eglise Notre-Dame de l'Assomption ) , arrivèrent les troubles qu'occasionna l'arrivée d'une nouvelle colonie. Nous voulons parler des juifs, qui lors de leur expulsion d'Espagne et du Portugal, au XVIe siècle, s'implantèrent dans la ville de La Bastide-Clairence. On y montre encore leur lieu de sépulture au cimetière.
Cette ville devait connaître dans le même siècle et le suivant les troubles du protestantisme. Les lecteurs des Etudes connaissent le remarquable travail de M. l'abbé Dubarat sur les progrès de la nouvelle doctrine. Ils n'ignorent pas les vexations et les violences de toute sorte de Jeanne d'Albret pour l'imposer à ses sujets du Béarn et de la Navarre. Il est certain que ni ses menaces ni ses caresses ne firent guère d'adeptes au Pays Basque. Elle eut beau placer de ses ministres à St-Palais, à Ostabat, à Mauléon, à La Bastide Clairence, etc., la Basse-Navarre garda sa foi. Dans cette dernière ville, en 1582, était ministre de « la pieuse » reine, Jeau Liçarrague ou Leiçarraga. Il était de Briscous (Beracoizco apheza). Sans renier, le croyait-il peut-être dans son esprit, la foi de l'Eglise catholique, il faisait dans son église les offices à la romaine et à la huguenote. Nous ignorons la durée de sa cure à la Bastide mais nous savons que cette ville avait pour ministre calviniste un certain Sans Ponrrat en 1620, et en 1626 Jean de Magendie. Jean Liçarrague, sur les ordres de Jeanne d'Albret et les sollicitations réitérées de de Belsunce et de Méharin, fit la traduction en basque labourdin mélangé de bas-navarrais oriental, du Nouveau Testament, du catéchisme et des prières dont on se servait à Genève.
En parlant des sorciers du Labourd, nous avons dit que les juifs et les calvinistes furent les principales causes des désordres et des guerres intestines qui désolèrent nos pays. La Bastide Clairence admit ou subit des juifs et des calvinistes. Les mêmes causes devaient produire les mêmes effets et la ville paya cher sa faute. Plusieurs paroisses de la Basse-Navarre se cotisèrent pour poursuivre les sorciers, à la Bastide on contracta des dettes. En 1647, le 6 janvier, dans une assemblée générale, où, entre autres, figurèrent nobles Saubat de Colomots et Jean d'Arrieux, seigneurs de la Salle de Colomots, on vota un emprunt de 1,800 livres et on nomma deux syndics pour continuer les poursuites commencées contre cinq femmes et un homme emprisonnés pour crime de sorcellerie.
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